Thomas Sean Connery, được đặt tên là Thomas theo tên ông nội của mình, sinh ra ở Fountainbridge, Edinburgh, Scotland vào ngày 25 tháng 8 năm 1930.[10] Mẹ ông, Euphemia "Effie" McBain McLean, là một phụ nữ chuyên làm việc dọn dẹp. Bà là con gái của Neil McLean và Helen Forbes Ross, và được đặt tên theo mẹ của cha của bà, Euphemia McBain, vợ của John McLean và con gái của William McBain từ Ceres ở Fife.[11][12][13] Cha của Connery, Joseph Connery, là một công nhân nhà máy và tài xế xe tải.[14][15]

Cha mẹ của ông có ông bà nội là những người đã di cư đến Scotland từ Ireland vào giữa thế kỷ 19.[16] Phần còn lại của gia đình Connery là người gốc Scotland, và ông bà ngoại của ông là những người nói tiếng Gaelic Scotland bản địa từ Fife (điều này là bất thường, đối với một người nói ngôn ngữ này), và Uig on Skye.[17][18] Cha của ông là người Công giáo La Mã, còn mẹ của ông theo đạo Tin lành. Ông có một người em trai, Neil. Connery nói rằng ông được gọi là Sean, tên đệm của ông ấy, rất lâu trước khi trở thành một diễn viên, giải thích rằng khi ông ấy còn trẻ, ông ấy có một người bạn Ailen tên là Séamus và những người biết cả hai đã quyết định gọi Connery bằng tên đệm của Seamus bất cứ khi nào cả hai cùng có mặt. Thời trẻ, ông thường được gọi là "Tommy".[19] Mặc dù thấp bé ở trường tiểu học, nhưng Connery đã phát triển nhanh chóng vào khoảng năm 12 tuổi, đạt đến chiều cao hoàn toàn của người trưởng thành là 6 ft 2 in (188 cm) ở tuổi 18.[20] Thời niên thiếu, Connery được biết đến với biệt danh "Big Tam", và tuyên bố rằng ông đã "mất trinh" vào tay một phụ nữ trưởng thành mặc đồng phục ATS ở tuổi 14.[21] [22]

Công việc đầu tiên của Connery là bán sữa ở Edinburgh với Hiệp hội Hợp tác xã St. Cuthbert.[23] Năm 2009, Connery nhớ lại cuộc trò chuyện trên taxi:

When I took a taxi during a recent Edinburgh Film Festival, the driver was amazed that I could put a name to every street we passed. "How come?" he asked. "As a boy I used to deliver milk round here," I said. "So what do you do now?" That was rather harder to answer.[17]

Năm 1946, ở tuổi 16, Connery gia nhập Hải quân Hoàng gia, trong thời gian đó, ông có hai hình xăm, trong đó trang web chính thức của ông nói rằng "không giống như nhiều hình xăm, của ông không phù phiếm – những hình xăm của Connery phản ánh hai cam kết trọn đời của ông: gia đình ông ấy và Scotland.... Một hình xăm là để tưởng nhớ cha mẹ với nội dung 'Mẹ và bố', và hình xăm còn lại là tự giải thích, 'Scotland muôn năm.' "[24] Connery được đào tạo ở Portsmouth tại trường súng hải quân và trong một cuộc chống Phi hành đoàn máy bay. Sau đó ông được bổ nhiệm làm Thủy thủ trên tàu HMS Formosystem.[25] Connery được giải ngũ khỏi hải quân năm 19 tuổi vì lý do y tế vì bệnh loét tá tràng, một tình trạng ảnh hưởng đến hầu hết nam giới trong các thế hệ trước của gia đình ông.[26]

Sau đó, Connery quay trở lại hợp tác xã, rồi làm công việc lái xe tải, nhân viên cứu hộ tại các phòng tắm ở Portobello, lao động, người mẫu nghệ sĩ cho Đại học Nghệ thuật Edinburgh, và sau lời đề nghị của cựu Mr. Scotland, Archie Brennan,[27] [28] thợ đánh bóng quan tài. Công việc làm mẫu giúp ông có được 15 shilling một giờ.[28] Nghệ sĩ Richard Demarco, lúc đó là một sinh viên đã vẽ một số bức tranh ban đầu về Connery, mô tả ông là "rất thẳng thắn, hơi nhút nhát, quá đẹp để có thể dùng lời mô tả, một Adonis ảo".[29]

Connery bắt đầu tập thể hình từ năm 18 tuổi, và từ năm 1951 đã tập luyện nặng với Ellington, một cựu huấn luyện viên thể dục trong Quân đội Anh.[30] Trong khi trang web chính thức của anh ấy tuyên bố anh ấy đứng thứ ba trong cuộc thi Mr Universe năm 1950, hầu hết các nguồn đều xếp ông ấy vào cuộc thi năm 1953, hoặc thứ ba trong lớp Junior[31] hoặc không đạt trong phân loại Người cao.[32] Connery nói rằng ông sớm chán nản với việc tập thể hình khi nhận thấy rằng người Mỹ thường xuyên đánh bại mình trong các cuộc thi vì kích thước cơ bắp tuyệt đối và, không giống như Connery, họ từ chối tham gia các hoạt động thể thao có thể khiến họ mất khối lượng cơ.[33]

Connery là một cầu thủ bóng đá nhiệt tình, từng chơi cho Bonnyrigg Rose những ngày còn trẻ.[34] Ông đã được mời thử việc với East Fife. Trong chuyến lưu diễn với South Pacific, Connery đã chơi trong một trận đấu bóng đá với một đội bóng địa phương mà Matt Busby, huấn luyện viên của Manchester United, tình cờ làm tuyển trạch viên.[35] Theo báo cáo, Busby rất ấn tượng với sức mạnh thể chất của Connery và đề nghị Connery một hợp đồng trị giá 25 bảng một tuần (tương đương £641 năm 2018) ngay sau trận đấu. Connery thừa nhận rằng đề nghị này khá cám dỗ, nhưng ông nhớ lại: "Tôi nhận ra rằng một cầu thủ bóng đá hàng đầu có thể hết thời vào năm 30 tuổi, và tôi đã 23. Tôi quyết định trở thành một diễn viên và hóa ra quyết định đó là một trong những quyết định thông minh hơn của tôi."[36]